Lấy bối cảnh là khu rừng pháp thuật Alvarna ở một vùng đất xa xôi nọ, nơi có ma lực dồi dào. Ẩn sâu trong khu rừng là một tàn tích cổ bí ẩn trên vác núi hiểm trở.

The Little Apothecary theo chân một cô gái tí hon tên Pétit. Vào một ngày nọ, Pétit nghe được lời kêu gọi, mách bảo phải đến tàn tích cổ đại với một sứ mệnh đặc biệt. Game sẽ theo chân Pétit trên chuyến hành trình này.

Tại tàn tích cổ đại, Pétit biết được rằng chính Terrolith – thần golem hộ mệnh của rừng Alvarna đã triệu tập cô. Tại đây, dưới lời kêu gọi của Terrolith, cô thực hiện các yêu cầu giúp đỡ để trả lại cân bằng cho khu rừng trước các sự đe dọa của thế lực đen tối – một lần nữa giúp Tree of Life sống lại.