Trong một tương lai không xa, con người khám phá hành tinh JarX-V. Ban đầu, khi các nhà thám hiểm đầu tiên đặt chân lên JARX-V, họ không thể ngờ rằng họ vừa đánh thức một thế mạnh khủng khiếp. Các sinh vật Mech Beasts từng là cùng loài thống trị trên JARX-V, một hành tinh mà sự tiến hóa của công nghệ và sinh học đã hòa hợp thành một. Hàng nghìn năm trước, các Mech Beasts được tạo ra bởi một nền văn minh tiên tiến của người JARX-V, được thiết kế để duy trì môi trường và bảo vệ hành tinh.

Tuy nhiên, một sự kiện tăng tốc đã xảy ra. Không biết chính xác điều gì đã dẫn đến sự mất kiểm soát, có thể thực hiện sai trong quá trình cài đặt hoặc thậm chí là thể tác động từ bên ngoài. Những Mech Beast đã mất đi sự kiểm soát. Một cuộc nổi loạn xảy ra. Các Mech Beasts, với sức mạnh không thể ngăn cản, đã tiêu diệt gần như toàn bộ cư dân trên hành tinh Jarx-V.

Trong quá trình khám phá, con người vô tình kích hoạt một hệ thống báo động cổ xưa của Mech Beasts, cảnh báo về sự xuất hiện của những sinh vật sinh học. Ngay lập tức, các Mech Beasts coi loài người là mối đe dọa mới và quyết định rằng Trái Đất là mục tiêu tiếp theo của cuộc tấn công xâm lược.

Trong hoàn cảnh tuyệt vọng ấy, một nhóm người đã quyết định đứng lên chống lại mối đe dọa này. HORI – một tổ chức ngầm bí ẩn được thành lập để chống lại các sự nổi loạn của Mech Beasts và cứu lấy những gì còn sót lại của nhân loại.

HORI có trụ sở tại các khu vực ẩn mình trong những thành phố và tập trung vào việc kết hợp tập đoàn TRINITY thu thập tài nguyên, xây dựng vũ khí và thiết bị công nghệ cao để chiến đấu với những sinh vật khổng lồ này. Tuy nhiên, nguồn tài nguyên càng ngày càng cạn kiệt, buộc HORI phải đối mặt với những quyết định khó khăn.