Vào năm 2100, khi khoa học và công nghệ của thế giới đã có những bước tiến ngoài mong đợi và ngoài tầm kiểm soát của con người, khi đó loài người đã dần mất khả năng tự kiểm soát và hoàn toàn lệ thuộc vào công nghệ. Cùng lúc đó, có một nhân vật do AI tạo ra đã tự cho mình là thực thể tối cao mang tên Eva 2.0 mang tham vọng chiếm đoạt và thống trị nhân loại. 

Đền Kibou nằm tại trung tâm thành phố Neo Tokyo, đây là nơi lưu giữ những bí mật quan trọng về nguồn gốc và lịch sử của loài người, nơi dấu tích hóa cuối cùng của nhân loại, cũng là trở ngại duy nhất của Eva trong việc tẩy não toàn bộ loài người. 

Ở đây, Harumi là một cô gái trẻ, là người gác đến cuối cùng có nhiệm vụ bảo vệ ngôi đền khỏi tay Eva 2.0